Несмотря на принятие постановления "Билл", вводящего комендантский час для несовершеннолетних и регулирующего доступ в Интернет, молодежь продолжает бороться за свою свободу, используя разные методы. Одна такая группа борцов за свободу находится в Токио. Они называют себя "SIRRUT". Группа решает взять в плен Фумито Нанахару (Fumito Nanahara), человека, который имеет большое влияние на политический мир и тайно контролирует Токио. Используя интернет в качестве оружия, группа больше узнает о Фумито (Fumito Nanahara) и о "Башне", тайной организации, которая занимается экспериментами над людьми. Когда члены "SIRRUT" попытались устроить засаду в метро с целью разоблачить "Башню", загадочные существа вдруг появляются и нападают на пассажиров. Во время этой бойни появляется Сая - молодая девушка, которая использует катану, чтобы убить монстров. Это та самая Сая (Saya Kisaragi), которая многое потеряла после ужасающих происшествий в провинции Укасима. Какие эксперименты проводят Фумито (Fumito Nanahara ) и "Башня", и сможет ли Сая (Saya Kisaragi) отомстить Фумито (Fumito Nanahara)? Финальная битва начинается!