После победы над последним Ангелом, у Nerv остался единственный враг — люди под командованием Seele. Впавшему в депрессию нерешительному Синдзи Икарипредстоит сделать важный выбор: полностью принять существование человечества или отказаться от человеческой индивидуальности. Параллельно, командующий Nerv Гэндо Икариготовится инициировать проект совершенствования человечества, используя Рей Аянамии Лилит для реализации своей заветной мечты. Судьба мира висит на волоске, приближается решающая финальная битва. «Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона» служит альтернативным финалом противоречивых последних эпизодов «Евангелион нового поколения».