«Дуэльные монстры» — карточная игра, аналог «Игры теней» в Древнем Египте, 3000 лет назад. Школьник Юги Муто сумел собрать «Головоломку тысячелетия» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка Сугороку Муто. Собрав его, Юги обретает второе «я» — душу египетского фараона, заточённую три тысячи лет назад. Теперь мальчик делит своё тело с душой фараона, который ничего не помнит о своём прошлом. Участвуя в карточных турнирах и побеждая на своём пути других обладателей «артефактов тысячелетия», Юги вместе со своими друзьями помогает Фараону разгадать секрет утраченных воспоминаний.